在商业活动中，合同是保障双方权益的重要法律文件。然而，在实际操作中，有时会遇到主合同与合同补充协议之间存在冲突的情况。这种情况可能源于双方在签订补充协议时未能充分沟通，或者对某些条款的理解出现偏差。那么，当主合同与补充协议发生冲突时，我们应该如何处理呢？

一、明确冲突的具体内容

首先，需要仔细分析主合同和补充协议的内容，明确冲突的具体表现。例如，两者在履行期限、金额、责任分配等方面是否存在矛盾。如果冲突较为复杂，建议请专业律师介入，帮助厘清问题。

二、遵循“补充优于主合同”的原则

根据我国《民法典》的相关规定，当主合同与补充协议发生冲突时，通常应以补充协议为准。这是因为补充协议是对主合同的进一步完善或修改，其效力优先于主合同中的相应条款。因此，在处理冲突时，应优先参考补充协议的内容。

三、协商解决，达成一致意见

如果双方对冲突条款存在争议，最好的办法是通过友好协商的方式解决问题。可以通过书面形式重新确认双方的共识，并形成新的补充协议或修正案，以确保后续合作顺利进行。这种方式不仅能有效化解矛盾，还能增强双方的信任感。

四、寻求法律途径作为最后手段

如果协商无法达成一致，且冲突已严重影响到一方的合法权益，则可以考虑通过法律途径解决。此时，建议聘请专业律师，收集相关证据材料，向法院提起诉讼或申请仲裁。法院或仲裁机构将根据实际情况作出公正裁决。

五、预防为主，避免未来冲突

为了避免类似问题再次发生，建议在签订合同时注意以下几点：

- 条款清晰明确：尽量减少模糊表述，确保每一条款都具体、可执行。

- 全面审查：在签署补充协议前，务必对所有条款进行全面审查，必要时咨询专业人士。

- 记录完整：保留所有往来文件及沟通记录，以便日后核查。

总之，当主合同与补充协议发生冲突时，冷静分析、合理应对至关重要。通过积极沟通与妥善处理，往往能够找到最优解决方案，从而维护双方的利益并促进合作关系健康发展。